Il commence à chanter dans les cabarets et enregistre d'abord un 45 tours, Desemplumat, suivi d'un 33 tours intitulé Occitania sempre en 1973. D'abord essentiellement folk, sur des textes autant en occitan qu'en français, la musique de Joan-Pau Verdier va évoluer vers le rock dès la fin de l'année 1973.

Joan-Pau Verdier est considéré comme une figure phare de la renaissance de la chanson occitane dans les années 1970, se démarquant déjà par son travail musical moderne, éclectique et recherché ainsi que par sa voix, se rapprochant de son "maître" Léo Ferré, qu'il eut l'occasion de rencontrer plusieurs fois, d'interpréter en occitan, et dont il partage les convictions anarchistes.

Premier représentant de la nòva cançon occitana à chanter en limousin, il fut aussi le premier à signer chez une major parisienne (Philips en l'occurence). Ce fait, qui paraît pourtant anodin aujourd'hui, fut passablement critiqué et reproché à Verdier à l'époque, par une partie du milieu occitaniste, notamment les tenants du label historique Revolum/Ventadorn, plus attachés à décentraliser les productions culturelles en France.

Joan-Pau Verdier répondit à la critique avec humour (et avec l'aide de son parolier de l'époque, l'écrivain Michel Chadeuil) dans la chanson Sei una puta (L'exil, 1974), entre autres. Toutefois, cet épisode constitua un tournant dans sa carrière.

S'ensuivit une période "parisienne" pour Verdier, où celui-ci électrisa sa musique, s'entoura de musiciens renommés pour enregistrer des disques davantage francophones. Paradoxalement, cette période contribua à faire acquérir à Verdier une notoriété nationale.

En 1983, Joan-Pau Verdier rompt avec Philips, et continuera à enregistrer des disques jusqu'en 1990 et une pause dans sa carrière musicale.

Dans les années 1990, Joan-Pau Verdier effectue son retour à la terre, au Périgord en l'occurence. Il participera au projet Bigaròc avec ses amis de Peiraguda Jean Bonnefon et Patric Salinié. Il enregistrera également un album de reprises de Léo Ferré en occitan qui, faute de distributeur, ne sera diffusé qu'en 2001. Puis il enchaînera pour un projet autour de Georges Brassens, avec ses compères Bonnefon et Salinié.

Joan-Pau Verdier proposera à partir de 2007 un nouveau répertoire centré sur Léo Ferré, qu'il interprète en occitan avec un succès certain. S'ensuivront un projet discographique autour des troubadours puis Les Rêves Gigognes (2010), un retour à des créations personnelles, dernier travail à ce jour pour Joan-Pau Verdier.

Joan-Pau Verdier est encore actif dans l'univers occitan, et anime « Meitat-chen, meitat-porc », une émission de radio en langue d'òc sur France Bleu Périgord, en compagnie de Nicolas Peuch. Il y réalise une chronique acide et hebdomadaire, rassemblée en un recueil, Lenga de pelha (2017).

Joan-Pau Verdier a écrit la bande-originale du film (en occitan) Histoire d'Adrien, de Jean-Pierre Denis, caméra d'or lors du festival de Cannes en 1981.